MCTs sind potente natürliche Antibiotika, die dabei helfen könnten, die Bakterien im Darm in Balance zu halten. Mittelkettige Fette könnten Streptokokken (Lösen u.a. Lungen- und Nasennebenhöhlenentzündungen aus), Staphylokokken (können Lebensmittelvergiftungen und Harnwegsinfektionen auslösen), Neisseria (kann Hirnhautentzündungen und Gonorrhö auslösen) und einige weitere Bakterienstämme wirksam bekämpfen.
MCTs haben den Vorteil, dass zwar negative Bakterien bekämpft werden, jedoch die guten Bakterien nicht angegeriffen werden.
Eine Studie, die im Fachmagazin Journal of Nutritional Biochemistry erschienen ist, fand heraus, dass mittelkettige Fettsäuren wesentlich wirksamer gegen Viren und Bakterien sind als langkettige Fette.